Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution - CEA - Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Année : 2012

Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution

Martien A. M. Groenen , Alan L. Archibald , Hirohide Uenishi , Christopher K. Tuggle , Yasuhiro Takeuchi , Max F. Rothschild , Claire Rogel Gaillard (1) , Chankyu Park , Denis Milan (2) , Hendrik-Jan Megens , Shengting Li , Denis M. Larkin , Heebal Kim , Laurent A. F. Frantz , Mario Caccamo (3) , Hyeonju Ahn , Bronwen L. Aken , Anna Anselmo , Christian Anthon , Loretta Auvil , Bouabid Badaoui (4) , Craig W. Beattie , Christian Bendixen , Daniel Berman , Frank Blecha , Jonas Blomberg , Lars Bolund (5) , Mirte Bosse , Sara Botti , Zhan Bujie , Megan Bystrom , Boris Capitanu , Denise Carvalho-Silva (6) , Patrick Chardon (1) , Celine Chen , Ryan Cheng , Sang-Haeng Choi , William Chow , Richard C. Clark , Christopher Clee , Richard P. M. A. Crooijmans , Harry D. Dawson , Patrice Dehais (2, 7) , Fioravante de Sapio , Bert Dibbits , Nizar Drou , Zhi-Qiang Du , Kellye Eversole , João Fadista , Susan Fairley , Thomas Faraut (2) , Geoffrey J. Faulkner , Katie E. Fowler , Merete Fredholm (8) , Eric Fritz , James G. R. Gilbert , Elisabetta Giuffra (1) , Jan Gorodkin , Darren K. Griffin , Jennifer L. Harrow , Alexander Hayward , Kerstin Howe , Zhi-Liang Hu , Sean J. Humphray , Toby Hunt , Henrik Hornshøj , Jin-Tae Jeon , Patric Jern , Matthew Jones , Jerzy Jurka , Hiroyuki Kanamori , Ronan Kapetanovic , Jaebum Kim , Jae-Hwan Kim , Kyu-Won Kim , Tae-Hun Kim , Greger Larson , Kyooyeol Lee , Kyung-Tai Lee , Richard Leggett (9) , Harris A. Lewin , Yingrui Li (10, 11) , Wansheng Liu , Jane E. Loveland , Yao Lu , Joan K. Lunney , Jian Ma , Ole Madsen (12) , Katherine Mann , Lucy Matthews (13) , Stuart Mclaren , Takeya Morozumi , Michael P. Murtaugh , Jitendra Narayan , Dinh Truong Nguyen , Peixiang Ni , Song-Jung Oh , Suneel Onteru , Frank Panitz , Eung-Woo Park , Hong-Seog Park , Géraldine Pascal (14, 15) , Yogesh Paudel , Miguel Perez-Enciso , Ricardo Ramirez-Gonzalez (3) , James M. Reecy , Sandra Rodriguez-Zas , Gary A. Rohrer , Lauretta Rund , Yongming Sang , Kyle Schachtschneider , Joshua G. Schraiber , John Schwartz , Linda Scobie , Carol Scott , Stephen Searle , Bertrand Servin (2) , Bruce R. Southey , Goran Sperber , Peter Stadler , Jonathan V. Sweedler , Hakim Tafer , Bo Thomsen , Rashmi Wali , Jian Wang (16) , Jun Wang (11) , Simon White , Xun Xu (17) , Martine M. Yerle (2) , Guojie Zhang (11) , Jianguo Zhang (11) , Jie Zhang , Shuhong Zhao , Jane Rogers , Carol Churcher , Lawrence B. Schook
Martien A. M. Groenen
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Alan L. Archibald
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Hirohide Uenishi
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Christopher K. Tuggle
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Yasuhiro Takeuchi
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Max F. Rothschild
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Chankyu Park
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Denis Milan
Hendrik-Jan Megens
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Shengting Li
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Denis M. Larkin
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Heebal Kim
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Laurent A. F. Frantz
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Hyeonju Ahn
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Bronwen L. Aken
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Anna Anselmo
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Christian Anthon
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Loretta Auvil
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Craig W. Beattie
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Christian Bendixen
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Daniel Berman
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Frank Blecha
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Jonas Blomberg
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Mirte Bosse
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Sara Botti
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Zhan Bujie
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Megan Bystrom
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Boris Capitanu
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Celine Chen
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Ryan Cheng
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Sang-Haeng Choi
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William Chow
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Richard C. Clark
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Christopher Clee
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Richard P. M. A. Crooijmans
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Harry D. Dawson
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Fioravante de Sapio
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Bert Dibbits
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Nizar Drou
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Zhi-Qiang Du
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Kellye Eversole
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João Fadista
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Susan Fairley
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Thomas Faraut
Geoffrey J. Faulkner
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Katie E. Fowler
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Eric Fritz
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James G. R. Gilbert
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Jan Gorodkin
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Darren K. Griffin
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Jennifer L. Harrow
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Alexander Hayward
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Kerstin Howe
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Zhi-Liang Hu
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Sean J. Humphray
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Henrik Hornshøj
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Jin-Tae Jeon
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Patric Jern
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Matthew Jones
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Hiroyuki Kanamori
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Jaebum Kim
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Jae-Hwan Kim
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Greger Larson
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Jane E. Loveland
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Joan K. Lunney
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Takeya Morozumi
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Michael P. Murtaugh
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Jian Wang
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Jun Wang
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Simon White
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Martine M. Yerle
Jie Zhang
Shuhong Zhao
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Jane Rogers
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Carol Churcher
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Lawrence B. Schook
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Résumé

For 10,000 years pigs and humans have shared a close and complex relationship. From domestication to modern breeding practices, humans have shaped the genomes of domestic pigs. Here we present the assembly and analysis of the genome sequence of a female domestic Duroc pig (Sus scrofa) and a comparison with the genomes of wild and domestic pigs from Europe and Asia. Wild pigs emerged in South East Asia and subsequently spread across Eurasia. Our results reveal a deep phylogenetic split between European and Asian wild boars ~1 million years ago, and a selective sweep analysis indicates selection on genes involved in RNA processing and regulation. Genes associated with immune response and olfaction exhibit fast evolution. Pigs have the largest repertoire of functional olfactory receptor genes, reflecting the importance of smell in this scavenging animal. The pig genome sequence provides an important resource for further improvements of this important livestock species, and our identification of many putative disease-causing variants extends the potential of the pig as a biomedical model

Mots clés

Domaines

Biologie animale

Dates et versions

cea-00880676 , version 1 (06-11-2013)

Identifiants

Citer

Martien A. M. Groenen, Alan L. Archibald, Hirohide Uenishi, Christopher K. Tuggle, Yasuhiro Takeuchi, et al.. Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution. Nature, 2012, 491 (7426), pp.393-398. ⟨10.1038/nature11622⟩. ⟨cea-00880676⟩
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