Recherche - CEA - Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives Accéder directement au contenu

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Expanding the substrate scope of native amine dehydrogenases through in silico structural exploration and targeted protein engineering

 Laurine Ducrot , Megan Bennett , Gwenaëlle André-Leroux , Eddy Elisée , Sacha Marynberg , et al.
ChemCatChem, 2022, 2022, pp.e202200880. ⟨10.1002/cctc.202200880⟩
Article dans une revue cea-03781286v1
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Distinct energy-coupling factor transporter subunits enable flavin acquisition and extracytosolic trafficking for extracellular electron transfer in listeria monocytogenes

 Rafael Rivera-Lugo , Shuo Huang , Frank Lee , Raphaël Méheust , Anthony T Iavarone , et al.
mBio, 2023, 14 (1), ⟨10.1128/mbio.03085-22⟩
Article dans une revue cea-04286674v1
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SulfAtlas, the sulfatase database: state of the art and new developments

 Mark Stam , Pernelle Lelièvre , Mark Hoebeke , Erwan Corre , Tristan Barbeyron , et al.
Nucleic Acids Research, 2023, 51 (D1), pp.D647-D653. ⟨10.1093/nar/gkac977⟩
Article dans une revue hal-03948623v1
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ProMetIS, deep phenotyping of mouse models by combined proteomics and metabolomics analysis

 Alyssa Imbert , Magali Rompais , Mohammed Selloum , Florence Castelli , Emmanuelle Mouton-Barbosa , et al.
Scientific Data , 2021, 8 (1), pp.311. ⟨10.1038/s41597-021-01095-3⟩
Article dans une revue pasteur-03453736v1

ABRomics : une plateforme intégrée multiomique pour la recherche sur la résistance aux antibiotiques et la santé publique

 Claudine Médigue
43ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie anti-infectieuse (RICAI 2023), Centres Hospitaliers nationaux, Dec 2023, Palais des Congrès, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04369206v1

Action Thématique Incitative Genopole : Annotation in silico de génome de Micro-organismes

 Claudine Médigue
Conférence DYNAMISER LA RECHERCHE Les dispositifs d’aide à la recherche : de l’Europe à Genopole, Genopole d'Evry, May 2018, Paris Hémicycle Simone Veil, France
Communication dans un congrès hal-04367453v1
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panModule: detecting conserved modules in the variable regions of a pangenome graph

 Adelme Bazin , Claudine Medigue , David Vallenet , Alexandra Calteau
2021
Pré-publication, Document de travail hal-04371147v1
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Genome-wide transcription start sites mapping in Methylorubrum grown with dichloromethane and methanol

 Bruno Maucourt , David Roche , Pauline Chaignaud , Stéphane Vuilleumier , Françoise Bringel
Microorganisms, 2022, 10 (7), pp.1301. ⟨10.3390/microorganisms10071301⟩
Article dans une revue hal-03718682v1

Colistin resistance in Parisian inpatient faecal Escherichia coli as the result of two distinct evolutionary pathways

 Anne Sophie Bourrel , Laurent Poirel , Guilhem Royer , Mélanie Darty , Xavier Vuillemin , et al.
Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2019, 74 (6), pp.1521-1530. ⟨10.1093/jac/dkz090⟩
Article dans une revue hal-04355076v1

Lack of association between colistin resistance and chlorhexidine reduced susceptibility in clinical isolates of Escherichia coli

 Guilhem Royer , Laurent Poirel , Béatrice La Combe , Olivier Clermont , Françoise Chau , et al.
Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2021, 76 (10), pp.2736-2737. ⟨10.1093/jac/dkab235⟩
Article dans une revue hal-04283552v1

Units of plasticity in bacterial genomes: new insight from the comparative genomics of two bacteria interacting with invertebrates, Photorhabdus and Xenorhabdus

 Jean-Claude Ogier , Alexandra Calteau , Steve Forst , Heidi Goodrich-Blair , David Roche , et al.
4. Congress of the FEMS, Jun 2011, Geneva, Suisse. , 2011
Poster de conférence hal-02808493v1
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ABRomics - a digital platform on antimicrobial resistance to store, integrate, analyze and share multi-omics data

 Pierre Marin , Julie Lao , Kenzo-Hugo Hillion , Aurélien Birer , Nadia Goué , et al.
JOURNÉES OUVERTES EN BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHÉMATIQUES ( JOBIM ) 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes JOBIM 2022
Poster de conférence hal-04369049v1
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Construction of a complete set of Neisseria meningitidis mutants and its use for the phenotypic profiling of this human pathogen

 A. Muir , I. Gurung , A. Cehovin , A. Bazin , D. Vallenet , et al.
Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.5541. ⟨10.1038/s41467-020-19347-y⟩
Article dans une revue hal-03512357v1
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Alterocin, an Antibiofilm Protein Secreted by Pseudoalteromonas sp. Strain 3J6

 Albane Jouault , Angélique Gobet , Marjolaine Simon , Emilie Portier , Morgan Perennou , et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2020, 86 (20), pp.e00893-20. ⟨10.1128/AEM.00893-20⟩
Article dans une revue hal-03027967v1
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Continuous Culture Adaptation of Methylobacterium extorquens AM1 and TK 0001 to Very High Methanol Concentrations

 Sophia Belkhelfa , David Roche , Ivan Dubois , Anne Berger , Valérie A Delmas , et al.
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.01313⟩
Article dans une revue hal-02323743v1

Exploration and curation of microbial genomes using the MicroScope platform

 Alexandra Calteau
Pyrococcus abyssi 20 years, Violette Da Cunha; Patrick Forterre, Sep 2023, Evry-Courcouronnes, France
Communication dans un congrès hal-04370597v1
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Parallels between experimental and natural evolution of legume symbionts

 Camille Clerissi , Marie Touchon , Delphine Capela , Mingxing Tang , Stéphane Cruveiller , et al.
Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.2264. ⟨10.1038/s41467-018-04778-5⟩
Article dans une revue cea-01880286v1
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Change in Cofactor Specificity of Oxidoreductases by Adaptive Evolution of an Escherichia coli NADPH-Auxotrophic Strain

 Madeleine Bouzon , Volker Döring , Ivan Dubois , Anne Berger , Gabriele Stoffel , et al.
mBio, 2021, 12 (4), pp.e00329-21. ⟨10.1128/mBio.00329-21⟩
Article dans une revue hal-04167096v1
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Complete genome sequence of the facultative methylotroph $Methylobacterium\ extorquens$ TK 0001 isolated from soil in Poland

 Sophia Belkhelfa , Karine Labadie , Corinne Cruaud , Jean-Marc Aury , David Roche , et al.
Genome Announcements, 2018, 6 (8), ⟨10.1128/genomeA.00018-18⟩
Article dans une revue hal-04292575v1
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Complete genome sequence of Bradyrhizobium sp. ORS285, a photosynthetic strain able to establish Nod factor-dependent or Nod factor-independent symbiosis with aeschynomene legumes

 Djamel Gully , Albin Teulet , Nicolas Busset , Nico Nouwen , Joël Fardoux , et al.
Genome Announcements, 2017, 5 (30), pp.e00421-17. ⟨10.1128/genomeA.00421-17⟩
Article dans une revue cea-04315748v1

AI-based mobile application to fight antibiotic resistance

 Marco Pascucci , Guilhem Royer , Jakub Adamek , Mai Al Asmar , David Aristizabal , et al.
Nature Communications, 2021, 12 (1), pp.1173. ⟨10.1038/s41467-021-21187-3⟩
Article dans une revue hal-03706771v1

Current challenges in the analysis of microbiome data – roles of national bioinformatics infrastructures

 Claudine Médigue
MICROBIOTA IN HEALTH AND DISEASE - The meeting of microbiota experts, CNRS orléans, Nov 2023, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-04369022v1

Large nitrilase activity screening on structurally diverse substrates: providing new biocatalytic tools for organic synthesis

 Anne Zaparucha , Carine Vergne-Vaxelaire , Franck Bordier , Ekaterina Darii , Aurélie Fossey , et al.
BIOTRANS, Jul 2013, Manchester (UK), United Kingdom
Communication dans un congrès hal-04303622v1
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Attenuated virulence and genomic reductive evolution in the entomopathogenic bacterial symbiont species, Xenorhabdus poinarii

 Jean-Claude Ogier , Sylvie Pages , Gaelle Bisch , Helene Chiapello , Claudine Médigue , et al.
Genome Biology and Evolution, 2014, 6, pp.1495-1513. ⟨10.1093/gbe/evu119⟩
Article dans une revue hal-01837258v1
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An antimicrobial peptide-resistant minor subpopulation of Photorhabdus luminescens is responsible for virulence

 Annabelle Mouammine , Sylvie Pages , Anne Lanois-Nouri , Sophie Gaudriault , Grégory Jubelin , et al.
Scientific Reports, 2017, 7, pp.43670. ⟨10.1038/srep43670⟩
Article dans une revue hal-01606548v1
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Des génomes au métabolisme des microorganismes

 David Vallenet
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université d'Évry-Val-d'Essonne, 2020
HDR tel-04355465v1

Large scale exploration of the biocatalytic capability of biodiversity for biocatalysis & synthetic biology applications

 Véronique de Berardinis , Jean-Louis Petit , Carine Vergne-Vaxelaire , David Vallenet , Anne Zaparucha
First International symposium on High-Throughput Catalysts Design, Jun 2021, Virtual conference (Lille), France
Communication dans un congrès hal-04315412v1

Parallel evolution of non-homologous isofunctional enzymes in methionine biosynthesis

 Karine Bastard , Alain Perret , Aline Mariage , Thomas Bessonnet , Agnès Pinet-Turpault , et al.
Nature Chemical Biology, 2017, 13, pp.858-866. ⟨10.1038/nchembio.2397⟩
Article dans une revue cea-02132779v1

“The Legacy of Pyrococcus abyssi : from 1 to 100 Thermococcales genomes”

 Violette Da Cunha , Catherine Badel , P. Oger , Loïs Maignien , Ghislaine Magdelenat , et al.
The 20th MicroScope anniversary, Alexandra CALTEAU, Aurélie LAJUS, David ROCHE, David VALLENET, Sep 2023, Évry-Courcouronnes, France
Communication dans un congrès hal-04360030v1

Redefining the archaea Thermococcales order with the biogeographic repartition and comparative genomic analysis of more than 100 isolates.

 Violette Da Cunha , Philippe Oger , Damien Courtine , Loïs Maignien , Mohamed Jebbar , et al.
2022 International Workshop on Deep-Sea Microbiology,, Mohamed Jebbar, Sep 2022, Plouzane, France
Communication dans un congrès hal-04358652v1
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